2025年（12月15日），国家医保局办公室发布《关于印发医保基金清算提质增效三年行动计划的通知》（以下简称《通知》），以进一步进一步优化医保基金结算管理，全面提高医保基金清算质量和效率，持续赋能医药机构发展。
医保基金清算，是对定点医药机构在一定周期内发生的医保基金支付费用进行最终核算和结算的过程，其中包括审核参保人的门诊、住院、药店购药等费用，确定年度应支付或扣减金额，完成资金拨付。
《通知》要求，在高质量完成医保基金结算的基础上，推进清算提速，自2028年起，实现每年3月底前完成上年度清算，清算资金占年度医保基金拨付的3%左右，推进季度清算等创新模式。
《通知》强调，医保基金清算方案，尤其是清算流程、规则、时限等内容，要征求定点医药机构意见。坚持公平公开原则，参照数据工作组定向发布规定，向定点医药机构按规定公布清算方案、清算进度、清算结果等内容，畅通监督渠道，接受社会监督，打造“阳光清算”。
另外，定点医药机构的综合考核结果，与清算拨付金额直接挂钩，其中涉及医保政策执行、医保服务协议履行、使用基金绩效等多个方面。
清算增效+即时结算
破解药店“回款”“垫资”痛点
可以看到，上述“从2028年起，每年3月底前完成上年度清算”，再叠加各地同步推进的即时结算政策，可直接破解药店行业“回款周期长、垫资压力大”的核心痛点。从短期来看，过去药店医保回款要等30-90天，现在改了之后，有些地方当天报，第二天钱就到账，这么一来，药店资金周转快了两三倍。从长远影响看，医保清算办法让药店无需长期垫付资金，从而避免了欠薪和拖欠货款的问题。头部连锁能用稳定现金流加速并购，以及加码扩展专业化和多元化业务；单体药店的资金链断裂风险，也随之降低。需要注意的是，医保基金清算的相关考核，将与药店利益直接绑定，一旦药店涉及“骗保”（例如串换药品），不仅要扣除清算资金，而且可能被暂停医保结算，直至终止医保。还有业内观点指出，该政策利好药店“现金流”的同时，也在进一步提升行业的集中度。对于国内头部连锁，依托雄厚的资金实力，头部连锁药店可以率先投入专项资金用于政策合规的软硬件和流程体系，把政策合规优势转化为医保基金清算的现金流优势。随着医保基金政策全面趋严，大型连锁长期投入的数字化能力、规范化流程开始显现威力。而对于中小药店来讲，普遍面临数字化转型困境，相关改造预算严重不足，合规能力及合规成本将成为其致命短板。在这种情况下，中小药店想要继续经营辖区，“搭船过河”一般是折中选择，即借助第三方专业服务机构或加入本地龙头连锁，完成医保合规化改造升级，跟上政策步伐。 附：“医保基金清算提质增效3年行动计划”阶段任务重点信息
